1. Le disposizioni del presente codice non si applicano agli appalti pubblici e ai concorsi di progettazione non altrimenti esclusi dal suo ambito di applicazione ai sensi dell'articolo 1, comma 6, nella misura in cui la tutela degli interessi essenziali di sicurezza dello Stato non possa essere garantita mediante misure meno invasive, volte anche a proteggere la riservatezza delle informazioni che le amministrazioni aggiudicatrici rendono disponibili in una procedura di aggiudicazione dell'appalto.
2. All'aggiudicazione di concessioni nei settori della difesa e della sicurezza di cui al decreto legislativo 15 novembre 2011, n. 208, si applica la parte III del presente codice fatta eccezione per le concessioni relative alle ipotesi alle quali il decreto legislativo 15 novembre 2011, n. 208, non si applica in virtù dell'articolo 6 del citato decreto legislativo.
3. In deroga all'articolo 31 l'amministrazione della difesa, in considerazione della struttura gerarchica dei propri organi tecnici, in luogo di un unico responsabile del procedimento, può nominare un responsabile del procedimento per ogni singola fase di svolgimento del processo attuativo: programmazione, progettazione, affidamento ed esecuzione. Il responsabile unico del procedimento, ovvero i responsabili di ogni singola fase, sono tecnici individuati nell'ambito del Ministero della difesa. Il responsabile del procedimento per la fase di affidamento può essere un dipendente specializzato in materie giuridico amministrative.
4. Con decreto del Ministro della difesa, di concerto con il Ministro delle infrastrutture e dei trasporti, sentita l'ANAC, da adottare entro novanta giorni dalla data di entrata in vigore del presente codice, sono definite le direttive generali per la disciplina delle attività del Ministero della difesa, in relazione agli appalti e alle concessioni diversi da quelli che rientrano nel campo di applicazione del decreto legislativo 15 novembre 2011, n. 208. Le direttive generali disciplinano, altresì, gli interventi da eseguire in Italia e all'Estero per effetto di accordi internazionali, multilaterali o bilaterali, nonché i lavori in economia che vengono eseguiti a mezzo delle truppe e dei reparti del Genio militare per i quali non si applicano i limiti di importo di cui all'articolo 36. Fino alla data di entrata in vigore del decreto di cui al presente comma, si applica l'articolo 216, comma 20.
4-bis. In caso di contratti ad impegno pluriennale superiore a tre anni, l'importo dell'anticipazione di cui all'articolo 35, comma 18, del presente codice è calcolato sul valore delle prestazioni di ciascuna annualità contabile del contratto di appalto, stabilita nel cronoprogramma dei pagamenti, ed è corrisposto entro quindici giorni dall'effettivo inizio della prima prestazione utile relativa a ciascuna annualità, secondo il cronoprogramma delle prestazioni.
5. Per gli acquisti eseguiti all'estero dall'amministrazione della difesa, relativi a macchinari, strumenti e oggetti di precisione, che possono essere forniti, con i requisiti tecnici e il grado di perfezione richiesti, soltanto da operatori economici stranieri, possono essere concesse anticipazioni di importo non superiore ad un terzo dell'importo complessivo del prezzo contrattuale, previa costituzione di idonea garanzia.